Aufgrund der besonderen Bedingungen in Berlin unter dem Vier-Mächte-Status war der „FDGB Groß-Berlin“ zwar eine eigenständige Organisation, doch war er faktisch durch Personalunion der Führung in den FDGB der Sowjetischen Besatzungszone (SBZ) einbezogen.

Insbesondere in Berlin prallten die Interessen der Großmächte mit zunehmendem "Kalten Krieg" aufeinander und wirkten in die Gewerkschaften hinein. Unter dem Schutz der Westalliierten hatten die Sozialdemokraten in Berlin Widerstand gegen eine kommunistisch beherrschte Vereinigung von KPD und SPD geleistet und ihre Partei erhalten.
Als die Kommunisten der SED nun die Sozialdemokraten auch bei den Delegiertenwahlen des FDGB in der SBZ und in Groß-Berlin benachteiligten, um den FDGB zentralistisch zu beherrschen, regte sich im FDGB Groß-Berlin zunehmender Unmut unter den sozialdemokratischen und christlichen Gewerkschaftern.

Am 10.2.1948 bildete sich eine Arbeitsgruppe "Unabhängige Gewerkschaftsopposition" (UGO), die von den Amerikanern unterstützt wurde. Bei den Berliner Delegiertenwahlen im Frühjahr 1948 spitzte sich der Konflikt zu, weil die oppositionellen Gewerkschafter durch die sowjetische Militäradministration (SMAD) und durch den FDGB-Bundesvorstand massiv behindert wurden.

Man warf den oppositionellen Gewerkschaftern vor, sie wollten im Auftrag der SPD den FDGB spalten. Trotzdem konnte die UGO fast die Hälfte der Mandate erringen, doch wurden ihr mit unterschiedlichsten Begründungen von der FDGB-Führung 100 Mandate aberkannt. Aus diesem Grunde kam es auch in Berlin zu zwei parallelen Mai-Kundgebungen von FDGB und UGO.
Als am 21. Mai 1948 auf der Stadtkonferenz des FDGB der Antrag der UGO auf Anerkennung der aberkannten Mandate, Zurücknahme ungerechtfertigter Ausschlüsse und Einsetzung einer Schlichtungskommission nicht zur Abstimmung angenommen wurde, verließen die UGO-Delegierten  die Konferenz.

In Folge dieser Spaltung existierte bis hin zur Gründung der DDR und noch danach die Unabhängige Gewerkschaftsopposition. Die in dieser Gewerkschaft eingebundenen lokalen Gewerkschaftsgruppierungen gingen später in den Einzelgewerkschaften des DGB auf.